Peristiwa penangkapan Dietrich Bonhoeffer bermula dari keterlibatannya dalam gerakan perlawanan Jerman melalui Abwehr (Kantor Intelijen Militer Jerman), di mana ia bekerja sebagai agen ganda yang berpura-pura mengumpulkan informasi untuk Nazi padahal sebenarnya membangun jaringan komunikasi dengan pihak Sekutu. Pada 5 April 1943, Bonhoeffer ditangkap di rumah orang tuanya di Berlin bersama saudara perempuannya, Christel, dan suaminya, Hans von Dohnanyi. Alasan awal penangkapannya adalah tuduhan terkait perannya dalam “Operasi Tujuh”, sebuah rencana rahasia untuk menyelundupkan 14 orang Yahudi ke Swiss dengan menggunakan dana pemerintah, serta penyalahgunaan posisinya untuk membantu para pendeta melarikan diri dari dinas militer.

Setelah ditangkap, ia dibawa ke Penjara Tegel di Berlin, di mana ia mendekam selama satu setengah tahun sambil menunggu persidangan. Selama masa ini, statusnya sebagai tunangan Maria von Wedemeyer memungkinkannya untuk menerima kunjungan, kiriman makanan, dan surat-surat yang diselundupkan keluar. Di dalam penjara ini pula, Bonhoeffer menulis refleksi teologisnya yang paling berpengaruh mengenai “Kekristenan tanpa agama” (religionless Christianity) dalam surat-suratnya kepada sahabatnya, Eberhard Bethge. Meskipun awalnya penahanannya tidak terkait langsung dengan plot pembunuhan Hitler, segalanya berubah setelah kegagalan Plot 20 Juli 1944.

Dua bulan setelah percobaan pembunuhan Hitler yang gagal tersebut, Gestapo menemukan arsip rahasia perlawanan di Zossen, termasuk buku harian Laksamana Wilhelm Canaris. Dokumen-dokumen ini secara telak membuktikan keterlibatan Bonhoeffer dan lingkaran dalamnya dalam rencana penggulingan rezim Nazi. Akibat penemuan ini, Bonhoeffer dipindahkan ke penjara keamanan tinggi Gestapo di Berlin, kemudian ke kamp konsentrasi Buchenwald pada Februari 1945, dan akhirnya ke kamp konsentrasi Flossenbürg pada April 1945.

Pada 5 April 1945, Adolf Hitler dalam kemarahannya secara pribadi memerintahkan eksekusi terhadap para konspirator yang tersisa. Bonhoeffer dijatuhi hukuman mati oleh pengadilan militer SS tanpa saksi, catatan pembelaan, maupun bukti resmi yang memadai pada tanggal 8 April. Sesaat sebelum dibawa pergi, ia menyampaikan pesan terakhir kepada sesama tahanan untuk Uskup George Bell: “Ini adalah akhir—bagiku, ini adalah awal dari Kehidupan!”.

Pada fajar tanggal 9 April 1945, Dietrich Bonhoeffer dipaksa melepaskan seluruh pakaiannya dan digantung dalam keadaan telanjang di halaman Flossenbürg. Dokter kamp yang menyaksikan eksekusi tersebut melaporkan bahwa Bonhoeffer sempat berlutut dan berdoa dengan sangat khusyuk sebelum naik ke tiang gantungan. Ia meninggal hanya tiga minggu sebelum pasukan Sekutu membebaskan kamp tersebut dan tak lama sebelum berakhirnya Perang Dunia II di Eropa.